El Ninjo þýðir “drengurinn” og stendur í ákveðnu samhengi við annað veðurfyrirbrigði sem kallast La Ninja eða “stúlkubarnið” Hvort tveggja eru eins konar jaðarafbrigði í eðlilegri veðurfarshringrás á hitabeltishluta Kyrrahafsins. Á El Ninjo-ári verður sjór um 2 – 3 gráðum hlýrri undan vesturströnd Suður-Ameríku en venjulega, en á La Ninja-ári er sjórinn aftur á móti svalari en í meðalári.

Yfirleitt blása staðvindar heitum yfirborðssjó frá austri til vesturs við miðbaug. Af þessu leiðir að kaldur sjór leitar upp á yfirborðið við vesturströnd Suður-Ameríku, en heitur yfirborðssjórinn leiðir af sér rigningar í Indónesíu. Regnið verður þess aftur valdandi að loft streymir upp á við og það heldur staðvindunum við efnið.

Að meðaltali fjórða hvert ár, gerist það aftur á móti að það dregur úr staðvindunum og þegar þrýstingur þeirra á yfirborð sjávar er ekki lengur til staðar, snýr hlýr yfirborðssjórinn við og fellur aftur upp að ströndum Suður-Ameríku. Þetta eru hin svonefndu El Ninjo-ár.

El Ninjo hefur mikil áhrif á allstóru svæði, allt frá Ástralíu til Suður- og Norður-Ameríku, en á öllu þessi svæði verður veruleg veðurfarsbreyting. Í Ástralíu ríkja þurrkar en aftur á móti rignir mikið í Ameríku.

La Ninja er sjaldgæfara fyrirbrigði sem stundum fylgir á eftir El Ninjo en ekki alltaf. La Ninja hefur einnig áhrif á sama svæði en í þá átt að ríkjandi veðurlag styrkist. Þurrlend svæði fá þá enn minna regn en venjulega, en þar sem að jafnað rignir mikið, verður sannkallað úrhelli.

Nú nota vísindamenn baujur með rafeindabúnaði til að fylgjast með hitastigi á yfirborði Kyrrahafsins og geta þannig séð þegar hlýr sjór tekur að streyma frá Indónesíu til Suður-Ameríku. Enn eru spár byggðar á þessum mælingum ekki fullkomlega áreiðanlegar, en í framtíðinni er talið fullvíst að þær muni hafa mikla þýðingu t.d. fyrir landbúnað.